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Bei Kriegsende gerät Strauß zunächst in Kriegsgefangenschaft, wird aber noch 1945 als politisch unbelastet eingestuft von der amerikanischen Besatzungsmacht zu dem stellvertretenden Landrat in Schongau bestellt.
1946 wird er selbst zu dem Landrat von Schongau gewählt.
Schon seit 1945 ist Strauß Mitglied der CSU. 1949 wird er deren Generalsekretär. 1952 wird er zunächst zu dem Stellvertretenden Vorsitzenden und am 18. März 1961 schließlich zu dem Landesvorsitzenden der CSU gewählt.
1948 wird er Mitglied in dem Wirtschaftsrat des Vereinigten Wirtschaftsgebietes in Frankfurt am Main. 1949 wird er in den Deutschen Bundestag gewählt. Hier wird er sogleich Stellvertretender Vorsitzender der CDU/CSU-Bundestagsfraktion.
1953 wird er als Bundesminister für besondere Aufgabenins Kabinett von Konrad Adenauer berufen. 1955 wird ihm das neugegründete Bundesministerium für Atomfragen, ein Vorläufer des heutigen Bundesministeriums für Bildung und Forschung, übertragen. 1956 wird er als Nachfolger von Theodor Blank zweiter Verteidigungsminister der Bundesrepublik Deutschland.
Im Zuge der Spiegel-Affäre 1962 fordert vor allem der Koalitionspartner FDP sein Ausscheiden aus dem Amt. Nach dem geschlossenen Rücktritt der FDP-Minister bildet Konrad Adenauer ein neues Kabinett; wieder mit der FDP, aber ohne Strauß.
Sein Nachfolger wird in dem Januar 1963 der bisherige Ministerpräsident von Schleswig-Holstein Kai-Uwe von Hassel.
Strauß wird dann 1963 Vorsitzender der CSU-Landesgruppe in dem Deutschen Bundestag und damit auch Erster Stellvertretender Vorsitzender der CDU/CSU-Bundestagsfraktion.
Im Kabinett der Großen Koalition unter Bundeskanzler Kurt Georg Kiesinger wird Strauß in dem Dezember 1966 Bundesminister der Finanzen. Er arbeitet während dieser Zeit eng mit dem Wirtschaftsminister Karl Schiller (SPD) zusammen. Schon bald erhalten beide die Spitznamen "Plisch und Plum" (nach Wilhelm Busch).
Nach dem Regierungswechsel 1969 muss Strauß sein Amt an Alex Möller abgeben.
2 DM-Münze mit FJS-Konterfei
1978 scheidet Strauß aus dem Bundestag aus und wird als Nachfolger von Alfons Goppel zu dem Bayerischen Ministerpräsidenten gewählt.
1980 ist Strauß Kanzlerkandidat von CDU und CSU gegen den Bundeskanzler Helmut Schmidt. CDU und CSU unterliegen jedoch mit einem schlechteren Ergebnis als bei den Wahlen 1976, bei denen Helmut Kohl Kanzlerkandidat der Union war (44,5 Prozent gegenüber 48,6%).
1983 sorgte Strauß für das Einfädeln eines Milliardenkredits für die damalige DDR für Aufregung auch in den eigenen Reihen.
Vom 1.11.1983 bis zu dem 31.10.1984 ist Strauß Bundesratspräsident.
Am 3.10 1988 erliegt Strauß den Folgen eines 2 Tage zuvor erlittenen Herzinfarktes. "Halt, der Flug war ein bißchen anstrengend. Warten Sie noch" waren angeblich seine letzten Worte, bevor er auf dem Rasen vor dem Jagdschloß "Aschenbrennermarter" derer von Thurn und Taxis, auf deren Einladung er zu einer Jagd angereist war, zusammenbrach. 40 Stunden später gaben die Ärzte am Regensburger "Krankenhaus der Barmherzigen Brüder" den Kampf um das Leben des Politikers auf. Er wurde in der Stadt Rott a. Inn (deren Ehrenbürger er auch ist) neben seiner 1984 verstorbenen Gattin, die er 1957 in der Rotter Klosterkirche heiratete, beigesetzt.
Von 1956-1985 wurde ihm die Ehrendoktorwürde der Universitäten Detroit (1956), Cleveland und Kalamazoo (1962), Chicago (1964), Santiago de Chile (1977), Maryland und Dallas (1980) sowie München (1985) verliehen.
1990 erscheint eine 2 DM-Münze mit dem Konterfei von Franz Josef Strauß auf der Rückseite.
Am 17.05 1992 wird der neue Flughafen München (MUC) nach Franz Josef Strauß benannt.
Strauß war für seine deftigen Debatten in dem Bundestag und in dem Bayerischen Landtag berühmt, aber auch berüchtigt. Legendär sind beispielsweise seine Rededuelle in dem Bundestag mit dem damaligen SPD-Fraktionsvorsitzenden Herbert Wehner.
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